公司被员工申请仲裁可能面临多重法律风险，以下是2点典型风险及实例说明：
1. 证据链断裂风险：实例：员工主张加班工资，公司无法提供完整的考勤记录（仅保存近3个月），根据法律规定，用人单位需保存考勤记录至少2年，仲裁庭可能直接采信员工的加班主张，裁决公司支付加班费
2. 行政处罚风险：实例：若争议涉及未缴纳社保，仲裁庭虽不直接处理社保补缴，但员工可向社保部门投诉，公司除需补缴社保外，还可能被处以欠缴金额1-3倍的罚款
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公司被员工申请仲裁的赔偿责任需依据具体法律法规条款确定，以下结合核心法律依据分析适用逻辑。
《中华人民共和国劳动合同法》第九十条规定：“劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。”但本案中公司为被申请人，需适用员工主张权益对应的条款：如员工主张未签合同二倍工资，适用第八十二条“用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资”；主张违法解除赔偿金，适用第八十七条“用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照本法第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金”。若公司无法举证已履行义务（如已签合同、合法解除），则需按上述条款支付对应赔偿。
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公司被员工申请仲裁的赔偿金额需结合争议类型、证据情况及法律规定综合确定，并非固定数值。
1. 若争议为未支付工资或加班费：需足额支付拖欠的工资/加班费，若存在恶意拖欠，可能需加付赔偿金（按应付金额50%-100%计算）
2. 若争议为违法解除劳动合同：需支付赔偿金（经济补偿金的2倍，经济补偿金按工作年限每满1年支付1个月工资计算）
3. 若争议为未签订书面劳动合同：需支付二倍工资差额（从用工满1个月起至满1年止，最多11个月）
4. 若争议为未缴纳社保：需补缴社保（具体金额由社保部门核算），若因未缴社保导致员工损失（如无法报销医疗费），还需赔偿实际损失
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公司被员工申请仲裁的处理结果可能受特殊情况影响，以下是2点常见特殊情形及影响：
1. 公司因不可抗力（如疫情导致停工停产）实施特殊措施：若公司在停工停产期间未按规定支付生活费（不低于当地最低工资标准的80%），员工申请仲裁时，公司需补足生活费；若已按规定支付，则无需额外赔偿
2. 员工与公司签订过免责协议：若协议内容违反法律强制性规定（如约定“员工自愿放弃加班费”），该协议无效，公司仍需支付加班费；若协议内容合法（如员工自愿放弃未休年假补偿），则可作为抗辩依据，减少赔偿金额
3. 员工存在过错行为（如严重违反公司规章制度）：若公司能举证员工的过错行为（如连续旷工15天），则在解除劳动合同争议中，无需支付赔偿金，仅需支付经济补偿金（若符合法定解除条件）

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